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Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  47 lines
  1. *********************************************
  2. * Sodium:solute symporter family signatures *
  3. *********************************************
  4.  
  5. It has    been  shown  [1,2]  that integral membrane proteins that mediate the
  6. intake of a wide variety  of  molecules  with the concomitant uptake of sodium
  7. ions (sodium  symporters)  can  be  grouped,  on  the  basis  of  sequence and
  8. functional similarities  into  a  number  of  distinct  families. One of these
  9. families is  known as the  sodium:solute  symporter family (SSF) and currently
  10. consists of the following proteins:
  11.  
  12.  - Mammalian Na+/glucose co-transporter.
  13.  - Mammalian Na+/myo-inositol co-transporter.
  14.  - Mammalian Na+/nucleoside co-transporter.
  15.  - Mammalian Na+/neutral amino acid co-transporter.
  16.  - Escherichia coli Na+/proline symporter (gene putP).
  17.  - Escherichia coli Na+/pantothenate symporter (gene panF).
  18.  - Escherichia coli hypothetical protein yidK.
  19.  - Escherichia coli hypothetical protein yjcG.
  20.  
  21. These integral  membrane  proteins  are  predicted  to  comprise  at least ten
  22. membrane spanning  domains.  As  signature  patterns we selected two conserved
  23. regions; the  first  one is located in the fourth transmembrane region and the
  24. second one  in a loop between two transmembrane regions in the C-terminal part
  25. of these proteins.
  26.  
  27. -Consensus pattern: G-x(2)-[LIY]-x(3)-[LIVMFWSTAG](10)-[LIY]-[TAV]-x(2)-G-G-
  28.                     [LMF]-x-[SAP]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31.  
  32. -Consensus pattern: [GAS]-[LIVM]-x(3)-[KR]-x(4)-G-A-x(2)-[GA]-[LIVMG]-[LIVMW]-
  33.                     [LIVMGA]-G-x-[LIVM]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  35.  for E.coli yidK.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37.  
  38. -Expert(s) to contact by email: Reizer J.
  39.                                 jreizer@ucsd.edu
  40.  
  41. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  42.  
  43. [ 1] Reizer J., Reizer A., Saier M.H. Jr.
  44.      Res. Microbiol. 141:1069-1072(1991).
  45. [ 2] Reizer J., Reizer A., Saier M.H. Jr.
  46.      Submitted(1993).
  47.